În cadrul departamentului Modelare Numerică și Sisteme Informaționale Geografice (MNSIG) se realizează activități de procesare a datelor rezultate în urma activităților de monitorizare a fenomenelor hidrodinamice și hidromorfologice. Rezultatele obținute sunt utilizate pentru identificarea și evaluarea schimbărilor ce apar în morfologia corpurilor de apă (variații ale albiei și identificarea fenomenelor de eroziune/sedimentare), atât pe baza măsurătorilor din teren (batimetrie 2D single-beam și 3D multibeam), cât și a simulărilor numerice hidrodinamice și hidromorfologice. Pentru procesele de simulare numerică, se utilizează un sistem cluster cu șase noduri cu capacitate mare de procesare și stocare a datelor și a informațiilor obținute prin utilizarea programelor de calcul MIKE (DHI) și Delft3D (Deltares).
De asemenea în cadrul departamentului MNSIG se întocmesc hărți tematice pentru domeniile de activitate din cadrul INCDPM și se prelucrează datele colectate din stațiile de monitorizare a sturionilor marcați ultrasonic.